Le fort Saint-André tient peut-être son nom de l’église qui fut primitivement élevée sur ce site. Les premières fortifications remontent au XVIIème siècle, à la guerre franco-espagnole qui opposa les Habsbourg, souverains de Franche-Comté, au Roi de France.
Après la conquête définitive de la place par la France en 1674, Vauban se vit confier par Louis XIV la reconstruction du fort. Il reprit le plan établi par les Espagnols un quart de siècle plus tôt en renforçant de façon déterminante le front d’attaque du fort. Il fit également élever de nouveaux bâtiments militaires.
S’il donna au fort la physionomie qu’on lui connaît aujourd’hui, plusieurs réparations et modifications ont été pratiquées par la suite. En particulier, au cours de la campagne de France qui se solda par la chute de Napoléon Ier, le fort fut très sérieusement endommagé puis en partie reconstruit.
Ayant malgré tout conservé en grande partie ses dispositions anciennes, l’ensemble des fortifications et des bâtiments furent classés au titre des Monuments Historiques, le 5 juillet 1993, à l'exception des quelques parties modifiées au cours de la seconde moitié du XXème s.
L’aspect hétéroclite des fortifications et de leur parement est au cœur de notre étude historique et architecturale. Couplée avec nos observations sur le terrain, l’étude historique nous a permis de préciser la chronologie de cet édifice emblématique de l’architecture et du système vaubanien